肺泡蛋白沉积症的患者，需要根据具体病情来判断是否能做雾化。
如果患者的病情在灌洗后出现反复发作，或者没有条件进行全肺灌洗治疗，以及无法耐受全肺灌洗治疗的情况下，可以在医生的指导下进行雾化治疗，也可以选择使用粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子皮下注射的方法来进行治疗。但是，这些方法不适合有遗传性肺泡蛋白沉积症的患者，也不适合继发性肺泡蛋白沉积症患者。
在患者出现有严重感染的病情发作时，需要联合抗生素类药物进行治疗，常用的药物主要包括阿莫西林、莫西沙星、头孢哌酮等。