空气灌肠肠套叠整复术是常用的治疗方法，通过空气加压从肛门内注入空气。通过空气的压力将套入的肠管推出复位肠套叠，这种方法的治愈率大约90%。部分孩子是由于病理性因素造成的，也就是合并肠道的病变，如美克尔憩室或者是肠道的息肉造成的这种套叠。通过空气灌肠可能就无法解除。
空气灌肠整复术，创伤小，术后恢复快，患儿一般情况下20小时以后就可以正常。逐渐饮食从流质、半流质再到普通的饮食过度，肠套叠是有一定的危险性的。空气灌肠复位有很小的几率可以引起肠破裂，不过相对于手术治疗肠套叠，已经是利大于弊了。