细菌性痢疾的确诊方法主要包括以下几方面：
第一，临床表现，患者都会表现为腹痛、腹泻及发热，并且发热可高达39℃。
第二，便常规，虽然细菌性痢疾患者在早期为水样便，随着病情发展才会出现脓血便，但是在便常规中早期即可发现脓血便，这也是细菌性痢疾具有特征性的表现之一。
第三，细菌培养，是诊断细菌性痢疾的金标准，可以发现粪便中的细菌。
第四，血常规，患者可能会表现为白细胞、中性粒细胞比例升高，部分患者也可以出现血红蛋白降低的表现。