单纯性肾囊肿的最佳治疗方法也是因人而异的。通常对于单纯性的肾囊肿的治疗，在饮食方面是不需要严格限制患者的食物种类，在日常的生活中也不需要限制患者的日常的活动，但是要注意避免患者腹部出现撞击和挤压，因为这有可能会导致肾囊肿的破裂、出血，引起感染。
对于较小的肾囊肿，主要是定期进行B超或者CT的监测，观察肾囊肿增加的速度以及数目。同时对于较小的肾囊肿，不需要任何药物治疗和手术治疗。
针对直径比较大的肾囊肿，比如肾囊肿直径如果大于4厘米以上，而且伴有腰痛的情况下，可以在B超引导下进行肾囊肿的穿刺术。
而对于更大的肾囊肿，如果肾囊肿的直径是大于5厘米以上，也可以选择外科手术治疗。