流感病毒和新冠病毒并不是同一种病毒。流感病毒属于正粘病毒科，而新冠病毒属于冠状病毒的一种，故两者属于不同种类的病毒。而且流感病毒和新冠病毒在基因序列，以及蛋白质水平上完全不同，此时要加以区分。
流感病毒和新冠病毒所引起的疾病属于呼吸道传染病，流感属于丙类传染病，新冠病毒属于乙类传染病，新冠病毒的传染性要明显强于流感病毒。
而且目前正处于新冠病毒的疫情之中，对于流感和新冠要加以区分，但有时也可以发现流感病毒和新冠病毒混合感染的情况。故确诊流感和新冠，需要及时完善流感病毒和新冠病毒相关的核酸检测，和特异性抗体检测。