首先，要区分肠梗阻和肠穿孔，由于两者在症状上相似，如腹痛、腹胀、呕吐，肛门排便、排气停止等，所以容易混淆。但两者在起病原因、病势缓急、症状体征和辅助检查表现上并不同。如肠梗阻多为原发病，起病缓慢，腹痛较轻，呈钝痛、胀痛，且在之前就表现为排便不畅，查体肠鸣音亢进，辅助检查可以发现气液平。
而肠穿孔多继发于慢性炎症或溃疡性病变，起病急，腹痛剧烈，可无明显前兆，查体肠鸣音减弱或消失，有反跳痛及腹肌紧张，X线检查显示膈下游离气体。两者一般都需要进行手术治疗。
其次，若排除肠穿孔后，要确定是否为假性肠梗阻，假性肠梗阻虽然有肠梗阻表现，但没有实质性病变的，可以通过辅助检查查找病因，如肠麻痹、肠粘连等，不需要手术治疗。