肝囊肿穿刺手术后未见缩小，可以再次行肝囊肿穿刺引流术或者转为其他的手术方法，如部分肝脏切除术或腹腔镜下囊肿开窗术等。
肝囊肿穿刺手术后未见缩小，是因为经过穿刺引流，肝囊肿复发的几率很大，囊肿液会再次生长，在经过穿刺引流后的原囊肿部位造成囊肿复发。所以目前对于B超下行穿刺手术引流肝囊肿液已经较少实施，而目前比较主流的方法是腹腔镜下行囊肿开窗术。
通过腹腔镜在囊肿处钻一个小洞，使其囊肿液流到腹腔内。而后腹腔内的大网膜会逐渐通过这个开的小洞逐渐填满肝囊肿，肝囊肿最后消失，或者直接行肝脏部分切除术。