判断是否感染变异新冠病毒，需要结合患者近期流行病学暴露因素，临床症状以及相关辅助检查。
如果患者出现发热、乏力、嗅觉减退等非特异性病毒感染症状，需要进行流行病学调查。如果患者同时近期曾经接触过新冠病毒感染患者，或者变异新冠病毒感染患者，则需要考虑新冠病毒感染可能。
进一步需要进行核酸检测以及病毒分离培养鉴定工作，如果明确诊断为新冠病毒感染，同时毒株分离相对于原有新冠病毒存在较大差异，则可以认定为变异新冠病毒感染。