脑脓肿通常不能自主进行吸收，因为脑脓肿通常为感染性因素所引起，感染致病菌没有消除，脓肿就不会自主吸收。如果长期不进行治疗，还会导致脑损伤、癫痫、脑膜炎、反复颅内感染等并发症，甚至会危及生命。
因此，在确诊为脑脓肿以后，一定要及时地进行治疗。如果是轻度的感染，主要是进行保守治疗，比如抗真菌或者是抗生素类的药物进行治疗，还可通过使用糖皮质激素或者是利尿剂降低脑水肿，促进脓肿的消退。
如果药物治疗没有效果，或者是比较严重的脑脓肿，可进行手术治疗。