先天性肛门闭锁，是有一定的遗传因素的。
但是不代表父母或长辈有先天性肛门闭锁，子孙后代就一定会有肛门闭锁，只是有很小的概率会遗传。目前的研究表明，长辈中有先天性肛门闭锁，后辈中出现肛门闭锁的概率会大一些。但是不应该因为这个原因，就过于担心后代中出现先天性肛门闭锁的疾病。
只要怀孕的时候，经过正常的产检、孕检，一般都是可以通过B超检查，查出胎儿有没有患先天性肛门闭锁的。而且即使生出来的胎儿有先天性肛门闭锁，目前的手术技术也是非常成熟的，只要及时手术治疗，手术之后的后遗症也相当少。