在高半胱氨酸复杂的转化过程中，有几种关键物质在左右着这些反应，它们是维生素B6、维生素B12、以及叶酸。同时，人体99%的高半胱氨酸在肾脏代谢，70%经肾脏清除。了解了这些，我们就不难理解高半胱氨酸升高的原因。
1、遗传因素:基因缺陷或突变导致高半胱氨酸代谢必需的酶缺乏。
2、营养状况的影响:摄入的维生素B6、维生素B12、叶酸不足，造成体内维生素、叶酸的缺乏，也可引起高半胱氨酸在体内堆积。
3、肾功能衰竭:进行血液透析的肾病患者，其血中高半胱氨酸水平可达到正常人的2~4倍，且发生血管栓塞性症状的几率显著增加。
4、一些药物如卡马西平、异烟肼，以及一些疾病如恶性肿瘤、银屑病、甲状腺功能低下等，也可导致高半胱氨酸的增高。此外，生活方式也对血中高半胱氨酸的浓度有影响，比如大量地摄入咖啡、酒精、吸烟等均可导致高半胱氨酸的升高。