百日咳在一般情况下是不会留下后遗症的，但是如果百日咳合并有支气管扩张的情况，或者合并有百日咳脑病以及支气管炎，这种情况下容易出现后遗症。
百日咳的后遗症一般是因为并发症所引起，如果百日咳没有及时治疗，容易引起多种并发症，比如气胸、肺不张、肺结核、心衰等等。
小宝宝的抵抗力低下，体质也比较差，如果家长不注意，宝宝容易出现百日咳情况，这种情况下，家长需要及时给宝宝用药物治疗，并且做好相应的护理措施，避免出现并发症。平常生活中加强营养，注意防寒保暖，有助于预防呼吸道疾病的发生。