临床上扁桃体炎的主要危害是影响正常的工作或者生活。
扁桃体发炎可以刺激扁桃体引起扁桃体肥大，堵塞呼吸道，引起睡眠时打呼噜。长时间呼吸道堵塞，引起身体缺氧。慢性扁桃体炎容易变成病灶性扁桃体炎，引起身体其他疾患发生的可能，如心脏病、关节炎、肾炎或者是皮肤一类的疾病。
罹患扁桃体炎的患者需要在医生指导下，按照科学的方法进行治疗，促进恢复，避免扁桃体发炎的反复发作。另外，平时养成良好的生活习惯，适当的加强体育锻炼，增强体质。