对于慢性膀胱炎首先应该与急性膀胱炎相鉴别，一般慢性膀胱炎大多数都是由于急性膀胱炎未彻底治愈慢慢转归而来，急性膀胱炎患者会有典型的尿路刺激症状，较为明显，有尿频、尿急、尿痛以及进行尿常规检查可以发现大量白细胞阳性，甚至会有脓球，部分患者严重时会有明显的出血。
那么，对于慢性膀胱炎主要是同其他类型的膀胱炎进行鉴别，有间质性膀胱炎、滤泡性膀胱炎、腺性膀胱炎以及放射性膀胱炎和化学性膀胱炎。对于放射性和化学性膀胱炎，一般有明确的病史，主要是对于膀胱恶性肿瘤术后进行放疗或者进行膀胱灌注化疗，都有典型的病史；而间质性膀胱炎主要是由于膀胱壁的纤维化；腺性膀胱炎，主要是由于膀胱粘膜非典型增生，通过膀胱镜下有助于鉴别诊断，也会导致患者膀胱区域的疼痛以及尿路刺激症；而对于滤泡性膀胱炎属于慢性尿路感染典型症状之一，在膀胱镜下可以看到散在大小不等多个滤泡，可以和膀胱恶性肿瘤相鉴别，一般滤泡表面隆起是圆润光滑的，而并非膀胱癌那种菜花样肿物。