尿道结核主要同三类疾病所鉴别，
一是一般的泌尿系感染如尿道炎，
二是其他泌尿系统的结核如膀胱结核，
三是其他原因引起的尿道狭窄，因为对于尿道结核在晚期也会导致尿道狭窄，而如果患者受过外伤，如骨盆骨折或者骑跨伤以及反复的慢性炎症刺激都会导致尿道狭窄，需要进行鉴别诊断。而对于一般的泌尿系感染也会导致尿频、尿急、尿痛等尿路刺激症状，而尿道结核也会导致尿路刺激症，都是可以通过实验室检查来进行鉴别。
如一般的尿道炎会有患者存在白细胞阳性甚至有血尿的发生，而尿道结核患者通过尿培养，如果找到结核分枝杆菌，那么可以进行确诊，而必要时可以进行尿道活检，送去病理科进行组织检查。如果确诊尿道结核必须及时进行抗结核用药治疗，而对于其他泌尿系统结核如膀胱结核也会导致患者同尿道结核一样的症状，但是一般很难区分，因为对于尿道结核主要是来源于肾脏，从而播散到输尿管、膀胱、尿道，对于绝大多数患者都是会合并存在泌尿系统其他结核，因此需要一同治疗。