系统性红斑狼疮的治疗应该因人而异，根据具体情况和疾病的不同阶段，比如急性期、重症期以及缓解期，它们的治疗方案是不同的。
此外还应该积极的预防副作用的发生，减少感染的机会有效的进行对症治疗，以减少疾病的复发，提高生存质量，延长生存时间。对于只有抗体阳性，没有临床症状的患者，可以不需要治疗应该随诊观察。对于只有皮疹且免疫学指标阳性，可局部应用泼尼松等激素药物或者应用的抗疟药，比如硫酸羟氯喹来进行治疗。
患者有轻度的全身症状，比如关节痛、有乏力、有皮疹等，可以应用非甾体抗炎药进行治疗，也可以用中小剂量的糖皮质激素，以防止脏器损害。
对于全身症状，脏器受累或者血管炎明显的患者应该应用糖皮质激素或者加用免疫抑制剂。对于急性重症的系统性红斑狼疮，有重要脏器受累的可能会威胁生命的患者，应该及时的给予静脉的甲强龙冲击。此外对于重症的或者难治的患者，应该选择血浆置换，大剂量的丙球蛋白静脉注射以及自体干细胞移植等多种治疗方法。