巧克力囊肿是可以治愈的。巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢，形成的囊肿。
手术对巧克力囊肿起到短暂的治疗，很容易复发。巧克力囊肿手术以后，需注射戈舍瑞林之类的药物来闭经，起到防止复发作用，如果不再用药治疗，还会再复发，影响生育。
近年来一般采用无痛可视针吸抽液治疗法治疗，在彩超定位以后，细针进入巧克力囊肿内抽出巧克力液后，在注入硬化剂，这样可以促使囊肿萎缩脱落吸收，达到治愈的目的。这种治疗方法痛苦小、不复发、不影响生育。