卵巢囊肿主要的治疗方法是手术治疗，但是绝大多数的卵巢囊肿都是生理性的，特别是双侧的卵巢囊肿，生理性可能性还是比较大的。最常见的就是卵巢囊肿或者是黄体囊肿，这种囊肿一般持续2~3个月就会自然地消失。
如果第一次做B超看到卵巢有囊肿在5cm以内可以观察，2~3个月以后，如果卵巢囊肿没有消失或者是继续增大，就是卵巢肿瘤，是需要做手术切除的。
因为卵巢囊肿时间长了也有可能会出现卵巢囊肿的扭转，也有可能会出现恶变的现象。所以一旦确诊是卵巢肿瘤以后，必须尽早进行治疗。