1.小阴茎鉴别主要是看是真性小阴茎还是假性小阴茎。因为部分患者本身由于过度肥胖，阴茎藏在皮下脂肪当中，本身阴茎长度是正常的，并非短小而误认为是小阴茎，容易导致误诊，如果过度肥胖，患者需要进行减肥综合治疗，待皮下脂肪消退，阴茎自然显露，那么视为正常。
2.而对于真性小阴茎，如果无论在疲软还是勃起功能正常的情况下，都无法达到正常的长度，诊断为小阴茎，那么再进一步检查原因是由于睾酮分泌不足还是由于下丘脑垂体病变或者内分泌原因引起，再进行对症的内分泌治疗或者在成年之后必要时进行手术治疗。