多数睾丸囊肿患者预后效果是不错的。只有少数患者在囊肿手术切除后，可能会出现睾丸或附睾的破坏，致使精子的运输出现梗阻，诱发精液量减少，可能会产生不育症。
所以对于未婚男性如果存在睾丸囊肿，通常不建议手术切除治疗。主要以保守治疗为主，进行抗感染治疗。没有明显症状的患者，只需密切观察，定期复查，待生育后或没有再生育要求后，可考虑手术治疗。对于已婚并没有生育要求的男性，可进行手术切除治疗。
患者在平时应注意个人卫生，勤换洗内裤。