卵巢性不孕的治疗根据引起卵巢性不孕的病因不同而有所不同：
1、卵巢先天性异常：常见的有性腺发育不全综合征、47、XXX综合征、真性两性畸形、睾丸女性化，以上均不是不孕症治疗的范畴，因为这些疾病是先天性的无法抑制，也是比较常见的疾病。
2、多囊卵巢综合征：治疗上首选克罗米芬，对于部分患者，可以考虑卵巢楔形切除和卵巢切开，穿刺囊肿等疗法，也有一定的效果。
3、卵巢炎引起的不孕症：对于炎症应以抗炎治疗为主；对周围有纤维粘连者，可考虑剖腹手术或腹腔镜下行粘连分解术；对于结核感染者，则应进行抗结核治疗。
4、卵巢位置异常：可考虑作卵巢固有韧带缩短术，将卵巢系膜缩短或固定于子宫后壁。
5、卵巢肿瘤：腹腔镜下剥除肿瘤是最好的治疗方法。
6、卵巢子宫内膜异位症：可用药物治疗，可进行保守手术，应在保留正常的卵巢组织下，尽量切除可见的病灶，也可在腹腔镜下电灼较小的病灶，同时还能松解盆腔内的轻度粘连，或通过镜管的附属针头抽出子宫内膜囊肿的内容物。