咽拭子检查的准确度跟采集标本的部位、标本的储存和运送、及化验方法都有关系，其中任何一个环节不好，都有可能影响检查的结果，另外如果是使用药物之后、或是疾病潜伏期内也有可能出现假阴性反应。
目前广泛用于新冠病毒的筛查，如果一次检查阴性，是不能完全排除感染的，需要反复检测，结合临床流行病学资料及其他检查的结果综合而定。
咽拭子采集时尽量取咽喉深部的分泌物或是扁桃腺周围的分泌物，取完标本以后需要及时放在试管里面密封，冷藏，避免影响检查结果。