在通常情况下，氯气中毒不一定会留有后遗症。对于一些轻度的氯气中毒，在症状好转逐渐缓解以后，不会留下明显的隐患和明显的后遗症。例如轻度吸入氯气以后，迅速采取治疗方式，例如通气、吸氧、高压氧舱治疗以后，并不会留有明显的后遗症。
但是，对于一些严重的氯气中毒，或者老年人既往有较多的原发基础性的疾病吸入较多的氯气，或者在进行氯气吸入后并没有规律系统地治疗。这时容易导致后遗症，会有神经系统后遗症，表现出头晕、头疼、视物不清、植物神经功能紊乱、神经系统功能失调。还会表现出循环系统的后遗症，例如胸闷、气短、心悸、心前区不适、呼吸困难。还会存有消化系统的后遗症，例如腹胀、腹痛、恶心、呕吐、反酸、烧心等。