扁桃体肥大是否会发生癌变，需要根据扁桃体肥大的原因来判断。如果是儿童生理性的扁桃体肥大，也就是由于扁桃体部位的免疫应答反应造成的肥大表现，通常是不会发生癌变的。
且此类的扁桃体肥大，通常会随着儿童年龄的增长而自行痊愈，不会对患儿的身体健康造成不良影响。但由于长期的慢性扁桃体炎或口腔等部位的炎症感染，而导致的扁桃体肥大，是有可能会发生癌变的。
因为扁桃体癌的发病与扁桃体部位长期的炎症刺激是有一定的关联，扁桃体肥大的患者要及时就医。