临床上睑板腺癌通常与霰粒肿、鳞状细胞癌、基底细胞癌相鉴别。鉴别的金标准主要通过病理组织学，但临床上通常根据不同症状先加以鉴别。
霰粒肿大多离睑缘较远，完全位于睑缘的霰粒肿比较少见；而睑板腺癌容易沿着睑板腺导管蔓延，故睑缘受累者多见。鳞状细胞癌多发生在下眼睑，位置较浅。而睑板腺癌好发在上睑，并且病变位置较深。
基底细胞癌多起源于皮肤表皮，病变位置较浅，病变部位多位于下睑近内眦处。睑板腺癌病变位置较深，好发于上眼睑，在皮肤和结膜之间。