动脉瘤样骨囊肿本身是一种瘤样病变，从病理改变上来看，不具有明显的细胞异型性以及远处转移的特性，所以还是考虑是一种良性病变，不是骨的恶性肿瘤。但是动脉瘤样骨囊肿可以继发于骨的恶性肿瘤，比如骨肉瘤、软骨肉瘤等。
当发现动脉瘤样骨囊肿的时候，由于是继发于恶性肿瘤的，就会有恶性肿瘤的一些表现，从而导致出现动脉瘤样骨囊肿是一种恶性肿瘤的错误结论。
再有，动脉瘤样骨囊肿，有些学者认为有恶变的可能。有些学者认为动脉瘤样骨囊肿恶变其实是继发于恶性肿瘤，只是在初始诊断的时候没有发现原发的恶性肿瘤，从而导致动脉瘤样骨囊肿可以恶变的错误结论。所以动脉瘤样骨囊肿本身的病理改变考虑是良性，但是也可能是继发于恶性肿瘤的，从而表现为一些恶性肿瘤的症状和体征。