肛窦炎可以采取非手术治疗方法和手术治疗方法。
如果肛窦炎不是很严重，主要是采取非手术治疗方法，比较常用的就是中药治疗，通过口服理气行气、活血化瘀、清热解毒的药物，能够促进局部血液循环，有效减轻肛门部位坠胀不适的症状。同时还需要配合西药治疗，一般是选择有效的抗生素药物。
但如果非手术治疗效果并不是很明显，肛窦炎比较严重，则需要采取手术治疗。做肛窦切开引流手术，将肛窦部位的腐肉刮除，并进行清洁消毒，然后用纱布包扎。