新生儿缺氧的处理，可能需要根据引起缺氧的原发疾病来决定治疗的方案。如果新生儿出现缺氧是因为在出生时，有吸入大量的胎粪并且肺部扩张受到阻碍，此时需要及时地给予插气管并且做胎粪吸引，有利于缺氧症状的改善。
同时，也需要注意观察是否有感染的可能，因此必要的时候有可能需要给患者同时使用抗感染药物，来促进疾病的缓解。
如果新生儿出现缺氧状态持续时间较长，明确是由先天性疾病引起时，有可能还需要给予手术治疗。