肠套叠和肠胃炎无论是发生机制、临床症状，还是治疗方法都有显著的区别。
肠套叠多发生在两岁以下的儿童，多为回盲部套入升结肠。成年人中如果有肠道憩室或者肠道肿瘤，也可发生肠套叠。肠套叠会引起腹痛、腹胀、恶心、呕吐、肠道堵塞，引起肛门停止排气、排便，严重的还会出现肠缺血、肠坏死等严重的症状，体格检查会发现腹部肿块，往往需要手术治疗将肠管复位，或者将肠道肿瘤或者憩室切除，才可治愈。
而肠胃炎一般是进食了变质的食物所引起的，发病不分年龄、性别，临床症状多表现为恶心、呕吐、腹痛、腹泻，一般经过补液和抗感染治疗，病人可以痊愈，无需手术治疗。