在临床上扁桃体炎出现反复发作的原因，主要是由于患者在患病期间，会因为症状有所好转，从而认为扁桃体炎已经完全康复，但是实际上症状并没有完全消除，炎症还是存在的。因此，会容易使扁桃体炎转变为慢性炎症。
另外，反复发作的原因还与扁桃体的特殊位置有一定关系。扁桃体位于咽喉的重要部位，呼吸和饮食都要通过这一要道，比较容易滋生细菌，当患者身体免疫力下降的时候，会使扁桃体的防御功能降低。因此，容易引发扁桃体炎，甚至导致扁桃体炎反复发作。
在治疗上一定要谨遵医嘱，治疗要彻底，才会降低扁桃体炎反复发作的可能。