肌肉萎缩的治疗主要是在于原发病的治疗和后期的康复锻炼。
临床上肌肉萎缩原因不同，按其损伤部位分为上运动神经元、下运动神经元、肌源性以及神经肌肉接头病变。上运动神经元通常见于脑卒中，脑卒中引起的肌萎缩为废用性肌萎缩，通过积极锻炼可以增加肌肉体积，改善肌萎缩情况。而其他如肌萎缩侧索硬化及进行性肌营养不良，临床上没有很好的特效药。
重症肌无力患者则需要服用溴吡斯的明改善肌无力症状，通过改善肌无力保持适当的运动能力，延缓肌萎缩的发生及严重程度。总之，肌萎缩主要通过康复锻炼而改善症状。