隐孢子虫病在临床上尚未有特效药物对抗。具有一定效果的药物主要有阿奇霉素、克林霉素、螺旋霉素、大蒜素等，平时也可以采取一些益生菌来调整胃肠道的症状。
隐孢子虫病在临床上属于一种旅游常见病，一般在感染之后的1周左右发病，常见的临床症状主要有发热、恶心、呕吐、腹泻、腹痛等，大多数的患者病程持续在10天左右。
还有一部分患者可能会持续数星期，如果免疫系统遭受了严重的侵害，甚至可能会危及到患者的生命。因此，治疗的关键在于重建免疫功能。