融合肾的治疗方法包括等待观察、保守治疗、手术治疗等方式。
在临床上，融合肾发生的几率很小。对于没有症状的患者可以采取等待观察，定期复查肾功能、泌尿系彩超以观察有无器质性的病变。如果合并的肾脏积水、感染的患者，通常需要应用抗生素来治疗，但是这不能从根本上解决问题。
如果想完全治愈，那可能就需要进行手术治疗。比如出现压迫症状后要及时解除压迫，对于一侧肾功能完全丧失的患者，也可以考虑将患侧的肾脏做切除。对于肾脏输尿管连接处狭窄的患者，需要行病变段的切除吻合术来彻底解除梗阻。