新型冠状病毒核酸检测不良反应是非常轻微的。根据核酸检测采取的标本不同，不良反应也有所不同。
目前临床上，进行新型冠状病毒核酸检测，多采取咽拭子的方法，包括口咽拭子和鼻咽拭子。采取口咽拭子时，护士要取患者口咽后壁的分泌物。在刺激患者咽部时，可能会出现恶心、呕吐的不适症状。但是由于采样迅速，不良反应也比较轻微，大部分人群是可以忍受的。
如果采鼻咽拭子，如果患者有鼻中隔偏曲、鼻腔异物、鼻腔占位性病变或者鼻腔黏膜损伤，可以出现患者鼻部出血的症状。有时患者有血小板减少、凝血机制障碍等情况，也可以导致鼻腔出血的不良反应。