直肠切除有以下一些后遗症：
首先，直肠切除后需要进行肠道吻合，吻合口位置比较低的患者会刺激患者产生频繁便意，而且直肠切除术后会导致患者储便功能下降，也会导致患者术后大便次数增多。部分患者会出现吻合口狭窄也会引发类似症状，随着病情的恢复，症状会有所缓解。
第二，直肠切除术后会导致患者腹腔出现肠粘连，有可能会导致患者出现肠梗阻，严重的需要通过手术解除梗阻。
第三，由于肠道手术是可能污染的手术，有可能导致患者术后切口感染，甚至引发切口疝的形成。如果患者是直肠癌，在行直肠切除术后，还有可能出现术后复发以及转移。