扁桃体一般是从十三四岁开始萎缩，也就是从青春期后开始萎缩。但具体萎缩的时间因人而异，和个人的体质以及健康状况有关。
扁桃体是一种免疫器官，有一定的免疫功能，一般从儿童3~5岁时开始增大，在6~7岁时增大会比较明显，而在青春期之后，扁桃体会逐渐萎缩，免疫功能也会逐渐下降。
扁桃体在儿童时期很容易发炎，因此，除了生理性的扁桃体增大，也会出现病理性的扁桃体增大，并且会导致疼痛、发热等现象。需要进行抗感染治疗，必要时将扁桃体切除。