小儿脑脓肿只要及时地进行正规治疗，大多数都能够治愈，也不会留有后遗症。只有极少数的患儿会出现癫痫、脑神经麻痹、智力降低等后遗症。
如果小儿脑脓肿引起了颅压增高的情况，应当使用甘露醇进行降颅压处理，改善头痛、喷射性呕吐等症状，还应当使用头孢类的药物进行抗感染治疗。如果脓肿比较严重，还应当进行定向穿刺，将脓液抽取出来。
在特别严重时还需要进行手术治疗，将感染病灶彻底清除。在术后需要加强护理，让患儿多卧床休息，保证室内空气流通，伤口处不要沾水。