包皮龟头炎的治疗首先要选用对致病微生物敏感的抗生素，可以根据不同的病原体选择不同的药物。
细菌性包皮龟头炎可以用庆大霉素和卡那霉素，滴虫性包皮龟头炎可以选用甲硝唑，白色念珠菌感染所导致的包皮龟头炎可用伊曲康唑或者是曲古霉素。
包皮龟头炎的患者，往往会在包皮和龟头之间出现溃疡、糜烂等并发症。所以应用抗生素治疗的同时，可以应用抗菌洗液进行包皮及龟头的清洗。在清洗之后，可以在局部涂抹药膏，以达到持久的抑菌、杀菌作用。在治疗期间要注意禁止性生活，以免引起传染。