脑干损伤患者在早期是没法通过吃药治疗的，因为脑干损伤非常严重，最大多数会处于昏迷状态。这是需要通过静脉输液治疗的，首先可以通过用一些营养神经药物，比如神经节苷脂乙酰、谷酰胺和胞磷胆碱钠等，另外需要用消肿脱水药物，比如甘露醇和甘油果糖。昏迷程度特别深的、损伤很重的还要预防并发症，要应用奥美拉唑预防出现胃部的应激性溃疡，并且要应用抗生素预防出现肺部的感染。
在后期如果病人能够清醒了，那在康复期是可以通过吃药治疗的，可以口服一些营养神经的口服药，比如胞磷胆碱钠胶囊和脑蛋白水解物片，另外还可以口服一些改善脑循环的中成药，比如复方丹参片等。