目前对肾小管间质性损害尚无特异和有效的药物治疗，治疗多为对症和支持治疗，对有明确病因的患者应首先去除病因，如停止继续使用对肾脏有毒性的药物，或脱离对肾脏有损害的环境。
对存在原发病的肾小管间质性肾炎，特别是活动性原发病，首先要给予强有力的药物治疗，控制住原发病，对有尿路梗阻、尿液反流等疾病患者，必要时予以手术治疗，加强支持治疗，避免各种对肾脏有损伤的因素，使己出现的肾小管间质损害逐渐恢复。
对急性过敏性间质性肾炎，有学者主张应用糖皮质激素治疗，认为可有效的缩短肾功能恢复时间，但由于大多数药物过敏性间质性肾炎在停药物后予以对症支持治疗能较快恢复，因此是否使用激素，应当权衡利弊。