嘴上起水疱有以下原因：
1.病毒感染性疾病。如疱疹性病毒侵入到口腔中就容易出现局部水疱，并且伴发疼痛等不适的症状。
2.过敏性因素。接触过敏原之后，也会使局部的皮肤出现脱离现象，最终形成嘴上有水疱的表现，过敏原消除之后可自然恢复。
3.外伤性问题。是由外力损伤的口腔皮肤最终出现局部炎症反应，首先会出现水疱的表现，严重的还会伴发溃疡。
4.自身免疫性疾病。口腔黏膜肉芽肿性疾病克罗恩病等在早期就会出现嘴上起水疱，如不及时治疗，甚至会出现严重的溃疡和继发细菌性感染。