跖疣这种疾病是可以选择使用外用药物来进行治疗的，选择外擦的外用药物有抗病毒类的药物，也有腐蚀性的药物。其中抗病毒类的药物主要建议使用重组人干扰素凝胶或者是选择使用抗HPV生物蛋白辅料。
因为跖疣这种疾病本身是人类乳头瘤病毒感染脚底部位或脚趾部位形成的一种增生性改变。使用这种抗病毒类的药物能够抑制病毒的代谢和繁殖，从而使这种疾病逐渐治疗好。
腐蚀性类的药物则主要指的是鬼臼毒素或者是咪喹莫特软膏，通过自身的腐蚀，可以将已经形成的凸起于皮肤的跖疣逐渐剥脱掉，从而达到治疗的效果。