尿道综合征的治疗方法包括心理治疗及健康教育指导以及外科治疗、药物治疗等。由于精神与尿道综合征的发病及其症状的轻重有一定的关联，对患者进行耐心解释，使其正确认识疾病的病因诊断及治疗，使患者放下心理包袱，以便积极配合治疗。另外应做好健康教育指导，使患者改正不良的卫生习惯，避免不卫生及化学物质长期刺激并且向患者及家属讲解正确的性生活知识，以防止性交损伤，从而防止尿道综合症的发生。尿道综合征的外科治疗包括尿道扩张及尿道外口手术治疗。药物治疗包括抗生素、雌激素、解痉药、镇静及抗抑郁药。尿道综合征在各年龄段均可发生原因各异，治疗方法不统一，疗效差别很大。故临床上应避免单独使用一种方法，而需要进行尿流动力学检查分析，采取综合的治疗手段来治疗这个疾病。