沙眼衣原体可以通过患者的眼部症状、眼部涂片检查等判断是否有感染。当患者感染沙眼衣原体后，经过一段时间的潜伏期，在疾病的急性期，患者会出现眼红、眼痛、眼睛有异物感等眼部症状，翻开眼睑可以看到眼睑内面上有一些乳头样、滤泡样凸起。
当疾病进入慢性期，眼红、眼痛等症状会减轻，但眼睑内面上的凸起不会消失，在疾病愈合期间会逐渐形成瘢痕，并引起一系列的并发症。通过这些症状一般可以判断有沙眼衣原体的感染。
此外，还可以通过眼表涂片的检查来确定是否有感染。如果在涂片中发现了沙眼衣原体，一般也可以确定感染。