始基囊肿不是含牙囊肿，两者区别包括：
1.含牙囊肿是指包含于一个未萌牙齿的牙冠，并且附着于该牙牙颈部的囊肿。始基囊肿虽然有时也表现为含牙关系，但不是含牙囊肿。始基囊肿常单发或多发于颌骨内的角化囊肿。
2.含牙囊肿的发生部位以下颌第三磨牙多见，其次为下颌尖牙，上颌第三磨牙和前磨牙。始基囊肿以下颌第三磨牙区和下颌升支最为多见，有时也在上颌第一磨牙区形成。
3.始基囊肿组织源于牙板剩余上皮。含牙囊肿组织源于缩余釉上皮和发育成熟的牙釉质表面之间，由液体聚集而成。
4.始基囊肿有较大的复发倾向。含牙囊肿手术后很少复发，预后较好。