肛门瘙痒症与肛门湿疹两者之间的区别也是较明显。肛门瘙痒症主要是由于神经机能出现障碍引起，皮肤出现瘙痒，大多不会出现皮肤损害。可表现为局部的皮肤增厚，可能蔓延到会阴、外阴或者阴囊的后方，也会出现瘙痒。
肛门湿疹是局限于肛门局部皮肤的过敏性皮肤病，并不具有传染性，主要以瘙痒、潮湿，出现丘疹、红斑、渗出、结痂、脱屑为主要症状。
如果丘疹出现破溃后，会引起感染，属于是炎症性的反应。痔疮、肛裂、肛窦炎等肛肠疾病，可诱发肛门湿疹。