除依靠典型临床表现外，确诊须根据实验室检查。
①直接涂片找包涵体：结膜、尿道和子宫颈刮片或组织切片，用吉耶姆萨氏染剂染色或碘染色，在细胞内可见包涵体。应用免疫荧光抗体染色，可查到细胞内病原体。这些检查均可作为快速诊断。
②衣原体分离培养：取相应的标本接种于鸡胚卵黄囊中或Hela-229、BHk-21等细胞培养中，可以分离培养衣原体。
③血清学检查：可用补体结合试验，抗体效价≥1：64即有诊断价值；急性期和恢复期双份血清，抗体效价有4倍以上增高者则诊断意义更大。但补体结合试验的特异性和敏感性均较差。应用酶联免疫吸附试验(ELISA)或放射免疫法(RIA)检测抗体，敏感性较高，但不同衣原体之间可有交叉反应。用免疫荧光法检测抗体，不仅敏感性很高，而且可检出不同的衣原体及其血清型。