部分沙眼衣原体感染是性疾病。
沙眼衣原体的类型有多种，其中2型衣原体容易通过性接触传播，引起沙眼衣原体感染的生殖系统疾病。女性患者可出现浓稠性分泌物、宫颈充血等症状。男性患者可能有尿频、尿痛、尿道分泌物等症状。
除此以外，1型的沙眼衣原体容易通过间接接触传播，致病菌容易侵犯患者眼睛，引起明显的眼部不适，可出现一系列眼睛痒涩、充血、水肿、分泌物增多、结膜滤泡、结膜乳头增生，甚至睑球粘连等一系列病症表现，需要区分治疗。