输卵管囊肿小于5厘米，可以保守治疗。输卵管囊肿是由输卵管慢性炎症形成的，输卵管囊肿的治疗方式取决于囊肿的大小。
囊肿小于5厘米，可以随访观察，也可以用一些活血化瘀的药物，比如康妇炎胶囊、硝呋太尔胶囊及中药来治疗，还可以做盆腔的理疗，还可以进行野菊花栓纳肛或者中药灌肠治疗，3个月之后定期复查。
如果囊肿大于5厘米，输卵管囊肿蒂扭转的几率增加，要引起重视，避免剧烈运动，避免迅速弯腰起身等躯体位置的短期急剧变化。可以采取超声引导下穿刺治疗，也可以采取腹腔镜下囊肿切除术等微创手术治疗。