耳朵根部如果有一阵一阵的疼痛感，可能与下列的因素有关：
1.牙源性的因素。患者的口腔内，尤其是靠近耳朵根部的牙齿，如果发生了牙周炎，或牙龈炎等疾病，导致了牙根部位的疼痛感，有可能会向耳朵根部放射。
2.病毒感染性的因素。病毒感染如果导致了腮腺炎等疾病发作，也会造成发病一侧的腮腺，连带耳根部位整体的疼痛感出现。
3.急性中耳炎。如果有急性中耳炎发病，发病后患者通常会感觉到中耳连带着整个耳根，及耳内的剧烈疼痛感出现，此类患者通常还会伴随有耳内的流脓，以及身体高热症状。